Основанием для обращения Управления Росприроднадзора в суд стал выявленный в ходе надзорных мероприятий факт загрязнения акватории порта угольной пылью и угольной крошкой при осуществлении погрузки на причале № 6А ПАО "НМТП". Площадь акватории порта, загрязненной мусором и отходами составила более 3.5 тыс. кв. м. Кроме того, на водной поверхности в районе причала № 6 ПАО "НМТП" были обнаружены нефтепродукты на площади 147 кв. м.
Исследование проб морской воды, выполненное экоаналитической лабораторией ФГБУ "Черноморо-Азовская дирекция по техническому обеспечению на море", подтвердило, что загрязняющие вещества оказывают существенное негативное воздействие на окружающую среду.
ПАО "НМТП" не согласилось ни с постановлением об административном штрафе в размере 150 тыс. руб. за нарушение природоохранного законодательства, ни с произведённым Росприроднадзором расчётом вреда, причинённого водному объекту, и обратилось в судебные инстанции. Однако все они вынесли решения в пользу Росприроднадзора.